Давным-давно Землёй правили наравне две расы: люди и монстры. Однажды между ними разразилась война и после долгой череды битв люди одержали победу. Семь величайших магов среди людей запечатали монстров под землёй, используя заклинание барьера. Монстры не могут прорваться в одиночку, барьер не является идеальной печатью, и единственным путём в Подземелье является гора Эботт (англ. Mt. Ebott). Легенда гласит, что люди, которые на неё забираются, никогда не возвращаются назад.

Спустя многие годы после окончания войны маленький ребёнок падает через дыру в Руины (англ. Ruins), являющиеся частью Подземелья. Хотя к герою практически не обращаются по имени на протяжении игры, ближе к концу выясняется, что управляемого персонажа зовут Фриск (англ. Frisk), однако его пол всё равно остаётся неназванным. Вскоре ребёнок встречается с Флауи (англ. Flowey), разумным цветком, который пытается убить Фриск. Ему препятствует добрый заботливый монстр Ториэль (англ. Toriel), которая затем рассказывает Фриск, как решать головоломки и разрешать конфликты в Подземелье. Однако позднее также выясняется, что она намеревается усыновить/удочерить игрока и не давать ему покинуть Руины. После битвы с Ториэль Фриск уходит из Руин.

Далее игрок путешествует по миру монстров, встречая разнообразных персонажей, проходя головоломки и узнавая все больше и больше информации о подземелье.